Село Еганово названо по фамилии одного из его владельцев в XVI в. — служилого человека Михаила Федоровича Еганского. Еганово в 1620 г. находилось в вотчине «Великой Государыни» — инокини Марфы Ивановны, матери царя Михаила Федоровича Романова. После ее смерти в 1628 г. село было пожаловано Знаменскому мужскому монастырю, «что на старом Государевом дворе» в Зарядье. На средства обители выстроили деревянную церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы с деревянной колокольней. В 1764 г. Еганово отобрали у монастыря в пользу государства.

В 1895 г. по проекту от 1890 г. московского епархиального архитектора С.В. Крыгина к юго-востоку от деревянного храма соорудили кирпичный храм Покрова Божией Матери с южным приделом Николая Чудотворца и северным приделом Тихвинской иконы Божией Матери с колокольней в русском стиле. Основной храм был холодным. Одноглавый четверик имел пятигранную апсиду с двумя окнами, а с запада чуть меньшую по высоте трапезную, в которой размещалось два теплых придела. Двухъярусная колокольня завершалась восьмигранным кирпичным шатром с кирпичной щеткой и деревянной главкой, обитой железом.

В 40-е годы XX века советская власть храм закрыла и разорила. Трактором с храма были сорваны кресты и купола, разрушены завершение четверика храма и шатровое завершение колокольни, а также почти все внутреннее убранство. Помещение храма использовали как зернохранилище и как склад удобрений. В последнее время храм стоял в запустении.

В декабре 2001 г. церковь отдали верующим. Для того, чтобы убрать удобрения, вызывали химвойска, и солдаты в защитных костюмах убрали из храма ядовитые вещества и часть грунта. В этом же 2001 году были сделаны новые крыши, главы храма и шатер колокольни.

9 июля 2002 г. состоялось освящение придела в честь Тихвинской иконы Божией Матери и прошла первая после длительного перерыва Божественная литургия.

Осенью 2002 г. к северному фасаду колокольни было пристроено кирпичное помещение котельной, так в храме появилось отопление. При западном входе была сделана новая цементная лестница, началось строительство Церковно-Причтового дома. В 2009 г. перед всеми тремя входами в храм установлены кованые козырьки и перила в древнерусском стиле, установлены иконостасы в боковых приделах.

6-го апреля 2009 года настоятелем храма назначен иерей Илия Терентьев.